La implementacion del proceso penal acusatorio, en la república mexicana, ha ocasionado grandes problemas; en un principio, existía una gran impunidad en las detenciones porque para los primeros respondientes era difícil comprender los actos inmediatos que debían realizar a partir de la detención de una persona, lo que se potencializaba en municipios alejados de las zonas centrales, como en el caso de Jalisco, fuera del primer distrito judicial. Se impartían instrucciones doctrinarias pero no prácticas, de tal forma que el policía ponía en práctica lo aprendido de lo que debía (o no) hacer, según su entendimiento.
Otro enfoque débil dentro del sistema lo fue la labor de investigación ministerial, pues no se regía, y sigue sin regirse, en la mayoría de las ocasiones en actuar bajo una investigación objetiva y, sobre todo, eficaz.
No obstante, hemos avanzado y aprendido de esos errores para disminuir ese grado de impunidad que se daba en los controles de detención o vinculaciones a proceso que, en su mayoría, eran detenciones ilegales o autos de no vinculación por investigaciones ineficaces.
En el ámbito judicial también ocurrían muchos errores de interpretación del Código Nacional de Procedimientos Penales, sin embargo, con la jurisprudencia del Poder Judicial de la Federación (que a través de la gran labor de los agentes del Ministerio Público, de los asesores jurídicos y de los abogados particulares comprometidos con su profesión y, además, de quienes han recurrido al juicio de amparo o al recurso de apelación como forma de abatir estos actos) nos han hecho aprender que, en muchas ocasiones, no siempre tenemos la razón.