El cambio al nuevo sistema de justicia penal acusatorio ha revolucionado el funcionamiento de los operadores jurídicos y del procedimiento penal. Gracias a la inserción de la figura del juez de control en el sistema penal acusatorio se ha puesto en marcha el análisis de los hechos que las partes dan a conocer, así como los datos y medios de prueba con los que se pretende acreditar lo sucedido conforme a su teoría del caso. También, con la participación del juez de control, se asegura que exista verificación y control objetivo de las actuaciones que vulneren los derechos fundamentales de las partes durante la etapa de investigación y la etapa intermedia.
Dicho lo anterior, la finalidad de La función del órgano jurisdiccional en el Sistema de Justicia Penal Acusatorio: etapas de investigación e intermedia es conocer cómo es que funciona la figura del juez de control en el nuevo sistema penal. Para ello se realiza un estudio de las atribuciones que se le conceden en las diferentes etapas del proceso en que participa. También se analizan si las funciones del juez coadyuvan al fortalecimiento de la seguridad jurídica, esto es, si con su participación como guardián del Derecho y del respeto de las garantías fundamentales de las etapas del proceso penal contribuye a la certeza jurídica prevista por las instituciones del Estado mexicano.