A lo largo del tiempo en que la Procuraduría General de la República ha utilizado a los testigos colaboradores le han atribuido una doble función, ya que no sólo son utilizados para el combate a la delincuencia organizada, sino que además con sus dichos han llevado a muchas personas inocentes a ser privadas de su libertad, condenadas anticipadamente y violándose la presunción de inocencia con base en declaraciones manipuladas, en creaciones autoritarias del
Ministerio Público de la Federación, no escapando a estas arbitrariedades en contra de los derechos humanos, políticos, policías, militares y personas que le incomodan a los factores reales del poder; los que han corrido con mejor suerte tras largos juicios y meses en prisión, recuperan su libertad cuando se demuestra que los testimonios de testigos colaboradores en su contra eran falsos.
